Selama masa Belanda di Asia, semua operasi kolonial Belanda diawasi oleh VOC, “Vereenigde Oost-Indische Compagnie” atau Perusahaan Hindia Timur Belanda.
Ketika Estates-General Belanda memberikan hak monopoli 21 tahun untuk melakukan kegiatan kolonial di Asia, VOC, perusahaan multinasional pertama di dunia dan perusahaan pertama yang menerbitkan saham, memasuki kegiatannya di Asia pada tahun 1602. VOC mempekerjakan tidak hanya warga negara Belanda, tetapi juga tamtama dari Belgia, Friesland, Jerman, Swedia, Denmark dan Austria.
Jaffna adalah kota perdagangan yang sibuk dan kota terpenting di Utara Pulau. Jaffna adalah benteng penting terakhir Portugis yang tersisa, ketika ditaklukkan oleh VOC pada tahun 1658.
VOC telah melenyapkan semua pesaingnya di pulau itu. Perang Belanda-Portugis mendorong VOC untuk mendirikan kantor pusatnya di Jakarta, Indonesia dengan pos-pos kolonial lainnya di Asia dan secara paksa mempertahankan monopoli atas pala dan fuli dengan penindasan kekerasan terhadap penduduk asli dan pembunuhan massal.
Pada zaman Belanda Jaffna merupakan pusat perikanan mutiara, industri tekstil dan perdagangan gajah dengan India. VOC berdagang ke seluruh Asia. Kapal-kapal datang dari Belanda yang membawa perak dari tambang Spanyol di Peru dengan tembaga dari Jepang, dan berdagang dengan India dan Cina untuk tekstil. VOC juga berperan dalam memperkenalkan ide-ide dan teknologi Eropa ke Asia.
Perusahaan mendukung misionaris Kristen dan memperdagangkan teknologi modern dengan Cina dan Jepang. Di sekitarnya VOC mencoba menyebarkan agama protestan, tetapi perbedaan antara agama protestan dan katolik tidak begitu jelas bagi masyarakat setempat.
VOC adalah perusahaan swasta terkaya yang pernah ada di dunia, dengan lebih dari 150 kapal dagang, 40 kapal perang, 50.000 karyawan, 10.000 tentara swasta, dan pembayaran dividen 40%. Jaffna adalah pusat perdagangan yang sibuk dan komoditas terpenting Jaffna adalah kapas, pakaian jadi, mutiara, dan gajah pada zaman Belanda. Maharaja India membeli gajah untuk digunakan dalam peperangan. Hewan-hewan itu terperangkap dalam perangkap dan setelah itu dibawa keluar satu per satu dan diikat dan kadang-kadang bahkan dibaptis! Setelah diikat selama delapan hari hewan-hewan itu menjadi jinak dan kemudian pelatihan bisa dimulai.
Di Jaffna, VOC memiliki kekuasaan yang besar. Situasi ini cukup unik di Jaffna bagi sebuah organisasi untuk mengendalikan urusan sebagai penguasa de facto. Salah satu akibat dari kekuasaan VOC ini adalah pemungutan pajak yang jauh lebih tinggi daripada pajak Portugis.
Pada tahun 1676 penduduk memberontak melawan VOC, tetapi VOC menghentikan pemberontakan dan pemungutan pajak berlanjut.
Setelah perang keempat antara Belanda, kemudian sebagai Provinsi Persatuan dan Inggris Raya pada tahun 1780-1784, VOC mengalami kesulitan keuangan, dan pada tahun 1798, perusahaan dibubarkan dan warisan perusahaan multinasional pertama yang menjadi perhatian perdagangan penting bagi hampir dua abad di Asia akhirnya berakhir dan akhirnya diberikan kepada Kerajaan Belanda oleh Kongres Wina pada tahun 1815.